57 yaşında kalp krizi sonucu ölen Pekar’ı ailesi, dostları ve mesai arkadaşları unutmadı. Pekar, oğulları Emre ve Buğrahan Pekar'ın da katıldığı sade bir törenle Ümraniye Kocatepe Mezarlığı’ndaki gömütü başında anıldı.Törene THY ve özel şirketlerden pilot arkadaşları da katıldı.
33 yıllık fedakar bir pilot olan Baynur Pekar, Hava Kuvvetleri’nin çeşitli birliklerinde görev yaptı. En son Eskişehir 1. Ana. Jet Üs Komutanı iken geçirdiği kalp krizi sonucu hayata veda etti.
Demokrat kişiliği ile tanınan Pekar’ı arkadaşları hep iyi bir ağabey ve babacan bir komutan olarak gördü. Baynur Pekar, çok sevdiği, 111. Filo Komutanlığı’nı da yaptığı 1. Üs’te ve en çok olmak istediği makamdayken istediği gibi ani bir şekilde hayata gözlerini yumdu.