Pegasus misafirleri, www.flypgs.com adresinden, sıra beklemeden, uçuşlarından en erken 48 saat önce, uçuşlarına en geç 3 saat kalana kadar internet check-in yapabilecek. Uygulama; Adana, Ankara, Antalya, Bodrum, Dalaman, Diyarbakır, Erzurum, Gaziantep, Kayseri, Kıbrıs Ercan, İstanbul Sabiha Gökçen, İstanbul Atatürk , İzmir, Malatya, Mardin, Samsun, Trabzon ve Van Havalimanları çıkışlı yurtiçi ve K.K.T.C uçuşlarında gerçekleştirilmektedir. İnternet Check-in işlemleri Pegasus-İzAir ortak uçuşlarında da geçerlidir.
Pegasus Havayolları, on line hizmetlerinde bir adım daha ileri gitti. Pegasus; web sitesi, çağrı merkezi, acenteler ve havalimanı satış ofislerinden bilet satın alan yolcularına yurtiçi seferlerinde www.flypgs.com adresinden internet check-in yapma imkanı sunuyor. Pegasus yolcuları, internet check-in sistemi aracılığıyla uçuş kalkış saatinin 48 saat öncesinden başlayarak uçuşa 3 saat kalana kadar check-in işlemini havaalanına gelmeden önce tamamlayabilecek.
İnternette check-in işlemi yapmak için www.flypgs.com ana sayfasında yer alan internet check-in bölümünde talep edilen bilgiler iletiliyor. Son işlem olarak ekrandaki biniş kartının A4 kağıda çıktısı alınabiliyor. Böylece, biniş kartı ve kimlik gösterme işlemine gerek kalmadan; yolcu uçak biniş kapısına geçebiliyor.
Pegasus web sitesinden online olarak check-in yaptıran yolcular, ücret ödeyerek uçuş sırasında oturmak istedikleri koltuğu da seçebilir ya da otomatik check in seçeneği yardımı ile ücret ödemeden sistemin kendilerine bir yer belirlemesini sağlayabiliyor.